PUBLICATIONS
- Journals
- Satoshi Yamasaki, Shugo Nakamura and Kazuhiko Fukui. "Prospects for Tertiary Structure Prediction of RNA Based on Secondary Structure Information." Journal of Chemical Information and Modeling 52, 557-567, 2012.
- Satoshi Yamasaki, Tohru Terada, Hidetoshi Kono, Kentaro Shimizu and Akinori Sarai. "A new method for evaluating the specificity of indirect readout in protein-DNA recognition." Nucleic Acids Research 40, e129, 2012.
- Satoshi Yamasaki, Tohru Terada, Hidetoshi Kono, Kentaro Shimizu and Akinori Sarai. "A Generalized Conformational Energy Function of DNA Derived from Molecular Dynamics Simulations." Nucleic Acids Research 37, e135, 2009.
- Satoshi Yamasaki, Shugo Nakamura, Tohru Terada and Kentaro Shimizu, "Mechanism of the difference in the binding affinity of E. coli tRNAGln to glutaminyl-tRNA synthetase caused by noninterface nucleotides in variable loop." Biophysical Journal. 92, 192-200, 2007.
- Masakazu Sekijima, Chie Motono, Satoshi Yamasaki, Kiyotoshi Kaneko and Yutaka Akiyama. "Molecular Dynamics Simulation of Dimeric and Monomeric Forms of Human Prion Protein: Insight into Dynamics and Properties." Biophysical Journal, 85, 1176-1185, 2003.
- Presentations
- Satoshi Yamasaki. "Tertiary structure prediction of RNA-RNA interacting structure using short fragment structures and secondary structure information." CBRC2012, 産総研・臨海
- Satoshi Yamasaki, Shugo Nakamura and Kazuhiko Fukui. "RNA tertiary structure prediction based on secondary structure and fragment structure library." 第34回日本分子生物学会年会, パシフィコ横浜
- Satoshi Yamasaki, Shugo Nakamura and Kazuhiko Fukui. "二次構造情報とフラグメント構造群に基づくRNA三次構造予測." 第10回新しいRNA/RNPを見つける会, 沖縄
- Satoshi Yamasaki. "RNA三次構造予測の現状と展望." 次世代バイオインフォマティクス研究会(2011), 産総研・北海道
- Satoshi Yamasaki, Shugo Nakamura and Kazuhiko Fukui. "Attempts to predict RNA tertiary structures using fragment structural library based on secondary structures." CBRC2010, 産総研・臨海
- Satoshi Yamasaki, Shugo Nakamura and Kazuhiko Fukui. "二次構造予測結果に基づくRNA三次構造予測システムの開発." 平成22年度 LS-BT合同研究発表会, 産総研・つくば
- Satoshi Yamasaki, Shugo Nakamura and Kazuhiko Fukui. "Attempts to predict RNA tertiary structures using fragment structural library based on secondary structures." 第48回日本生物物理学会年会, 東北大学
- Satoshi Yamasaki, Hidetoshi Kono, Kentaro Shimizu, Akinori Sarai and Tohru Terada."Information entropy as a measure of the contribution of indirect readout in protein-DNA recognition." 第10回日本タンパク質科学会年会, 札幌コンベンションセンター
- Satoshi Yamasaki, Kazuhiko Fukui, Hidetoshi Kono, Kentaro Shimizu, Akinori Sarai and Tohru Terada."Role of indirect readout in protein-DNA recognition assessed by a Bayesian approach" 第47回日本生物物理学会年会, アスティとくしま
- Satoshi Yamasaki, Tohru Terada, Shugo Nakamura, Hidetoshi Kono, Kentaro Shimizu and Akinori Sarai. "Potential energy function for evaluating DNA and DNA-protein complex structures in consideration of the anharmonicity of the conformational distribution." 第46回日本生物物理学会年会, 福岡国際会議場
- Satoshi Yamasaki, Tohru Terada, Shugo Nakamura, Hidetoshi Kono, Kentaro Shimizu and Akinori Sarai. "Dynamical analysis of protein-DNA duplex structures using principal component analysis method." 第45回日本生物物理学会年会, パシフィコ横浜
- Satoshi Yamasaki, Shugo Nakamura, Tohru Terada and Kentaro Shimizu. "Dependency of thermostability on loop sequence in DNA mini - hairpin molecule revealed by locally enhanced sampling method." 第44回日本生物物理学会年会（EABS&BSJ2006;）, 沖縄コンベンションセンター
- 山崎 智、中村 周吾、寺田 透、清水 謙多郎 「Locally enhanced sampling 法による核酸ミニヘアピン分子の構造解析」 第43回日本生物物理学会年会, 札幌コンベンションセンター
- 山崎 智、中村 周吾、寺田 透、清水 謙多郎 「MDシミュレーションによるE.coli tRNAGln 及びその aptamer と GlnRS 複合体のエネルギー解析」第41回日本生物物理学会年会, 朱鷺メッセ新潟コンベンションセンター
- 山崎 智、中村 周吾、寺田 透、清水 謙多郎 「E.coli tRNAGln 及びその aptamer と、 GlnRS 複合体のMDシミュレーションによる解析」第3回日本蛋白質科学会年会, 札幌コンベンションセンター
- Research grants
- 2010/04-2011/03 科学研究費補助金 若手研究(B), 「コンピュータシミュレーションを利用した小分子機能性RNAの構造及び作用機構の解明」