分子シミュレーションチーム

研究詳細 ： 重点課題

担当：広川　貴次　研究チーム長

研究テーマ

• ■ 創薬標的タンパク質を対象にした、タンパク質立体構造モデリング、タンパク質-リガンドドッキングおよびタンパク質-タンパク質相互作用解析
• ■ タンパク質立体構造情報に基づく医薬分子設計、ケモインフォマティクス
• ■ タンパク質立体構造予測システムの開発
• ■ 分子動力学計算の高精度化のための基盤研究
• ■ 分子動力学計算によるタンパク質折りたたみ形成シミュレーションやアミロイドペプチド凝集メカニズムの解析
• ■ 民間企業等との共同研究を通じたインシリコスクリーニングによる医薬品候補化合物の探索と最適化析

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研究成果、論文リスト等

2012

Trichostatin Analogues JBIR-109, JBIR-110, and JBIR-111 from the Marine Sponge-Derived Streptomyces sp. RM72. Journal of natural products, 75(2) pp.285-9(2012). Hosoya, T., Hirokawa, T., Takagi, M., Shin-Ya, K.

Cyclopropane-based stereochemical diversity-oriented conformational restriction strategy: histamine H3 and/or H4 receptor ligands with the 2,3-methanobutane backbone. Organic & Biomolecular Chemistry, 10(4) pp.736-745(2012). Watanabe, M., Kobayashi, T., Hirokawa, T., Yoshida, A., Ito, Y., Yamada, S., Orimoto, N., Yamasaki, Y., Arisawa, M., Shuto, S.

2011

Computational analysis of ligand recognition mechanisms by prostaglandin E2 (subtype 2) and D2 receptors." Theoretical Chemistry Accounts: Theory, Computation, and Modeling (Theoretica Chimica Acta), 130, pp.1131-1143(2011). Daiyasu, H., Hirokawa, T., Kamiya, N., Toh, H.

Analysis of protein-protein docking decoys using interaction fingerprints: application to the reconstruction of CaM-ligand complexes. BMC Bioinformatics, 11, pp.236(2010). Uchikoga, N., Hirokawa, T.

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