分子シミュレーションチーム

研究詳細 : 重点課題

担当:広川 貴次 研究チーム長

研究テーマ

  • ■ 創薬標的タンパク質を対象にした、タンパク質立体構造モデリング、タンパク質-リガンドドッキングおよびタンパク質-タンパク質相互作用解析
  • ■ タンパク質立体構造情報に基づく医薬分子設計、ケモインフォマティクス
  • ■ タンパク質立体構造予測システムの開発
  • ■ 分子動力学計算の高精度化のための基盤研究
  • ■ 分子動力学計算によるタンパク質折りたたみ形成シミュレーションやアミロイドペプチド凝集メカニズムの解析
  • ■ 民間企業等との共同研究を通じたインシリコスクリーニングによる医薬品候補化合物の探索と最適化析


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研究成果、論文リスト等

  2015年   2014年  2013年  2012年  2011年
2015
NovelpH-dependent regulation of human cytosolic sialidase2 (NEU2) activities by siastatin B and structural prediction of NEU2/siastatin B complex
Biochem. Biophys. Rep., 2015, 4, 234-242.
Rahman M.M, Hirokawa T, Tsuji D, Tsukimoto J, Hitaoka S, Yoshida T, Chuman H, Itoh K

Privacy-preserving search for chemical compound databases
BMC Bioinformatics, 2015, 16 Suppl 18, S6.
Shimizu K, Nuida K, Arai H, Mitsunari S, Attrapadung N, Hamada M, Tsuda K, Hirokawa T, Sakuma J, Hanaoka G, Asai K

Identification of potential inhibitors based on compound proposal contest: Tyrosine-protein kinase Yes as a target
Sci. Rep., 2015, 5, 17209
Chiba S, Ikeda K, Ishida T, Gromiha MM, Taguchi YH, Iwadate M, Umeyama H, Hsin KY, Kitano H, Yamamoto K, Sugaya N, Kato K, Okuno T, Chikenji G, Mochizuki M, Yasuo N, Yoshino R, Yanagisawa K, Ban T, Teramoto R, Ramakrishnan C, Thangakani AM, Velmurugan D, Prathipati P, Ito J, Tsuchiya Y, Mizuguchi K, Honma T, Hirokawa T, Akiyama Y, Sekijima M.

Design and synthesis of a berberine dimer: a fluorescent ligand with high affinity towards G-quadruplexes
Chemistry, 2015, 21, 14519-14528.
Tera M, Hirokawa T, Okabe S, Sugahara K, Seimiya H, Shimamoto K

Site-specific Interaction Mapping of Phosphorylated Ubiquitin to Uncover Parkin Activation
J. Biol. Chem., 2015, 290, 25199-25211.
Yamano K, Queliconi BB, Koyano F, Saeki Y, Hirokawa T, Tanaka K, Matsuda N

Relationship between Human Evolution and Neurally Mediated Syncope Disclosed by the Polymorphic Sites of the Adrenergic Receptor Gene α2B-AR
PLoS One, 2015, 10(4), e0120788.
Komiyama T, Hirokawa T, Sato K, Oka A, Kamiguchi H, Nagata E, Sakura H, Otsuka K, Kobayashi H

Molecular dynamics simulation and experimental verification of the interaction between cyclin T1 and HIV-1 Tat proteins
PLoS One, 2015, 10(3), e0119451.
Asamitsu K, Hirokawa T, Hibi Y, Okamoto T.

2012
Trichostatin Analogues JBIR-109, JBIR-110, and JBIR-111 from the Marine Sponge-Derived Streptomyces sp. RM72.
Journal of natural products, 75(2) pp.285-9(2012).
Hosoya, T., Hirokawa, T., Takagi, M., Shin-Ya, K.

Cyclopropane-based stereochemical diversity-oriented conformational restriction strategy: histamine H3 and/or H4 receptor ligands with the 2,3-methanobutane backbone.
Organic & Biomolecular Chemistry, 10(4) pp.736-745(2012).
Watanabe, M., Kobayashi, T., Hirokawa, T., Yoshida, A., Ito, Y., Yamada, S., Orimoto, N., Yamasaki, Y., Arisawa, M., Shuto, S.

2011
Computational analysis of ligand recognition mechanisms by prostaglandin E2 (subtype 2) and D2 receptors."
Theoretical Chemistry Accounts: Theory, Computation, and Modeling (Theoretica Chimica Acta), 130, pp.1131-1143(2011).
Daiyasu, H., Hirokawa, T., Kamiya, N., Toh, H.

Analysis of protein-protein docking decoys using interaction fingerprints: application to the reconstruction of CaM-ligand complexes.
BMC Bioinformatics, 11, pp.236(2010).
Uchikoga, N., Hirokawa, T.

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